Μετά τη διάγνωση το επόμενο βήμα είναι η θεραπεία. Το πρώτο βήμα προς αυτή την κατεύθυνση αποτελεί η διουρηθρική εκτομή των θηλωμάτων (TUR-BT). Η επέμβαση αυτή γίνεται διαμέσου της ουρήθρας χωρίς τομή του δέρματος. Τα θηλώματα αφαιρούνται και ηλεκτροκαυτηριάζονται. Στη συνέχεια στέλνονται για βιοψία. Το αποτέλεσμα της βιοψίας θα καθορίσει αν ο ασθενής χρειάζεται περαιτέρω θεραπεία ή όχι.
Την πιο πρόσφατη εξέλιξη στην αντιμετώπιση των θηλωμάτων της ουροδόχου κύστης αποτελεί η διουρηθρική εκτομή τους με φωτοδυναμική. Η τεχνική αυτή χρησιμοποιεί ειδικές χημικές ουσίες οι οποίες εγχύονται στην ουροδόχο κύστη πριν το χειρουργείο. Οι ουσίες αυτές με τη χρήση ειδικού εξοπλισμού κατά τη διάρκεια του χειρουργείου, βοηθούν το χειρουργό να δει περιοχές με καρκινικά κύτταρα που δε φαίνονται πιο ριζική αντιμετώπισή τους.
Μετά τη διουρηθρική εκτομή των θηλωμάτων ανάλογα με το αποτέλεσμα της ιστολογικής εξέτασης, ορισμένοι ασθενείς θα πρέπει να υποβληθούν σε ενδοκυστικές εγχύσεις. Για κάποιες εβδομάδες ο οθρολογος με λεπτο μη τραυματικο καθετήρα ρίχνει χημειοθεραπευτικό φάρμακο στην ουροδόχο κύστη του ασθενούς. Ο ασθενής κρατάει το φάρμακο περίπου μια ώρα και στη συνέχεια ουρεί. Υπάρχουν διάφορες ουσίες και διάφορα σχήματα ενδοκυστικών εγχύσεων. Σκοπός αυτής της θεραπείας είναι να μειωθεί η πιθανότητα επανεμφάνισης των θηλωμάτων.
Παρά τις προσπάθειες όμως ουρολόγων και ασθενών τα θηλώματα σε μεγάλο δυστυχώς ποσοστό επανεμφανίζονται. Για αυτό το λόγο, μετά την επέμβαση ο ασθενής πρέπει να παρακολουθείται με κυστεοσκοπήσεις, τα δυο πρώτα χρόνια κάθε τρεις μήνες,εφοσον δεν υπαρχει υποτροπη καθε εξι μηνες μεχρι την συμπληρωση των πεντε ετων και επειτα μια φορα τον χρονο.Μόλις εντοπιστούν νέα θηλώματα, πάλι θα πρέπει ο ασθενής να υποβάλλεται σε διουρηθρική εκτομή τους. Έτσι μόνο είναι δυνατό να προλάβει την εξάπλωση και την επέκταση της νόσου.
Άλλες συμπληρωματικές θεραπείες στον καρκίνο της ουροδόχου κύστης αποτελούν οι χημειοθεραπείες και η ακτινοβολία.
